値引に対する消費税計算の設定をご確認ください。
管理パネル→帳票管理→帳票設定
値引き外税金額を 「含める」にした場合、100円値引きであれば110円値引きとして扱います。
メニューが内税でご利用いただいている場合は「含めない」にしていただくのが一般的です。